Genome-wide temporal gene expression reveals a post-reproductive shift in the nematode <i>C. briggsae</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT C. briggsae offers a robust system for comparative investigations of genetic pathways that affect physiological processes. One key process, reproduction, significantly impacts longevity due to its high energetic cost, which limits resources for somatic maintenance. Long-lived mutants often exhibit reproductive impairments, and studies in C. elegans have demonstrated that germline mutations and complete germline removal can promote longevity, underscoring the link between reproduction and aging. We are interested in identifying genes and biological processes affected during the reproductive and post-reproductive periods in C. briggsae . To achieve this, we conducted whole-genome transcriptome profiling on animals at various adult stages. analysis of differentially expressed (DE) genes revealed that the majority were downregulated during the reproductive period. Interestingly, this trend reversed post-reproduction, with three-quarters of the genes upregulated—a phenomenon we termed the ‘reproductive shift’. A similar analysis in C. elegans also showed a downregulation bias during the reproductive period, but the reproductive shift was absent. Further examination of C. briggsae DE genes showed enrichment in processes related to the matrisome, muscle development and function during the reproductive period. Post-reproductive downregulated genes were enriched in DNA damage repair, stress response, and immune response. Additionally, terms related to fatty acid metabolism, catabolism, and transcriptional regulation exhibited complex patterns, with different biological processes being up or downregulated between the reproductive and post-reproductive stages. Overall, our transcriptomic data provides a valuable resource for cross-sectional comparative studies of reproductive and post-reproductive changes in nematodes. Additionally, the findings prompt similar studies in other animal models thereby advancing our understanding of genetic pathways affecting reproduction and aging.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».