Nucleotide diversity of the fragment of cytocrhome oxidase gene subunit 1 of mitochondrial DNA in (<i>Oncorhynchus Nerka</i>) populations
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: to analyze the nucleotide diversity of the cytochrome oxidase gene fragment of the 1 mt DNA subunit in the Asian and American populations of sockeye salmon. Materials and methods. The material for analysis is nucleotide sequences obtained by the author for the sockeye salmon population of the Ola River, and for a number of Asian and American sockeye salmon populations, located in the Gene Bank (www.ncbi.nlm.nih.gov). 139 sequences were analyzed, the unifies number of nucleotide was 640. The statistical parameters are as follows: ps – the proportion of polymorphic sites, θ - the proportion of polymorphic sites taking into account the number of sites (i) p s /a 1 = 1\ 1\i = 1\ 1 + ½ + 1/3 + … + 1/i, π T – nucleotide diversity, π s – average nucleotide diversity within a population, δ ST – interpopulation nucleotide diversity. N ST – coefficient of nucleotide differentiation, N ST = δ ST / π T . The dendrogram is built using the values of the so-called p-distances, using the UPGMA clustering method. Results. The nucleotide diversity of sockeye salmon from the Ola River (πT = 0,00505 (s=0,000080)) turned out to be slightly higher than in American populations (π T = 0,00403) (s=0,000002)). The coefficient of nucleotide differentiation N ST and the number of polymorphic sites in Asian populations are higher than in American populations. Due to this, a higher level of nucleotide diversity was found in Asian sockeye salmon populations (π T = 0,00504 (s=0,000004)) than in North American ones. The nucleotide sequences of all individuals are divided into 2 groups. Individuals of these groups do not have territorial attachment, i.e. noted in both Asian and American populations. It is most likely that these groups formed as a result of Late Pleistocene climate fluctuations and the associated presence of two refugia on the Asian coast – the rivers of the northern coast of the Sea of Okhotsk and the rivers of the Kamchatka Peninsula, the second salmon, it is also assumed that two refugia will exist during the period of climate cooling, one in the area of the Alaska Peninsula, the second in the area of Vancouver Island. Almost all large populations of sockeye salmon are influenced by fishing and, in many cases, artificial farming. To reliably distinguish hatchery fish from sockeye salmon produced in natural spawning grounds, the characteristic nucleotide sequence of the mtDNA cytochrome oxidase gene can be used.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».