A 20+ Ma old enamel proteome from Canada’s High Arctic reveals diversification of Rhinocerotidae in the middle Eocene-Oligocene
Notice bibliographique
Résumé
In the past decade, ancient protein sequences have emerged as a valuable source of data for deep-time phylogenetic inference. Still, the recovery of protein sequences providing novel phylogenetic insights does not exceed 3.7 Ma (Pliocene). Here, we push this boundary back to 21-24 Ma (early Miocene), by retrieving enamel protein sequences of an early-diverging rhinocerotid ( Epiaceratherium sp. - CMNF-59632) from the Canadian High Arctic. We recover partial sequences of seven enamel proteins (AHSG, ALB, AMBN, AMELX, AMTN, ENAM, MMP20) and over 1000 peptide-spectrum matches, spanning over at least 251 amino acids. Authentic endogeneity of these sequences is supported by indicators of protein damage, including several spontaneous and irreversible post-translational modifications accumulated during prolonged diagenesis and reaching near-complete occupancy at many sites. Bayesian tip-dating, across 15 extant and extinct perissodactyl taxa, places the divergence time of CMNF-59632 in the middle Eocene-Oligocene, and identifies a later divergence time for Elasmotheriinae in the Oligocene. The finding weakens alternative models suggesting a deep basal split between Elasmotheriinae and Rhinocerotinae. This divergence time of CMNF-59632 coincides with a phase of high diversification of rhinocerotids, and supports a Eurasian origin of this clade in the late Eocene or Oligocene. The findings are consistent with previous hypotheses on the origin of the enigmatic fauna of the Haughton crater, which, in spite of their considerable degree of endemism, also display similarity to distant Eurasian faunas. Our findings demonstrate the potential of palaeoproteomics in obtaining phylogenetic information from a specimen that is ten times older than any sample from which endogenous DNA has been obtained.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».