Abstract A018: STRIDE as a technology platform for accurate measurement of DNA breaks and breaks-associated repair proteins
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Investigating synthetic lethality in DNA repair pathways holds significant promise for advancing targeted cancer therapies, as already proven by the successful introduction of PARP inhibitors. Essential to this endeavor is the precise measurement of DNA damage in the form of DNA breaks, which serves as a crucial and most proximal indicator of treatment efficacy during drug development. Understanding the dynamics of induced DNA damage not only validates treatment mechanisms but also informs optimization of therapeutic regimens and aids in the identification of predictive biomarkers. Accurate assessment of DNA breaks is pivotal in maximizing the therapeutic potential of synthetic lethality approaches and advancing the development of effective anticancer drugs. However, the currently utilized IHC or IF methods detecting the presence or activation of DNA repair proteins often fail due to their low sensitivity, specificity and dependence upon the presence of properly functioning DNA repair pathways.Here we present STRIDE, a fluorescence-based technology for direct and sensitive detection of DNA breaks that can be applied in biological material of different complexity, from cultured cell lines to FFPE tissue sections. STRIDE is the only tool that allows for quantitative assessment of the level of double- or single-strand DNA breaks that is independent of DNA repair processes and is thus a perfect fit for studying DNA repair inhibitors, informing about their efficiency and potential mechanism of action. While sSTRIDE and dSTRIDE measure the total pool of SSBs or DSBs, respectively, other variants of the technology report on the involvement of specific DNA repair proteins at DNA breaks sites. We present here several STRIDE assay variants that have been recently introduced to assist the development of compounds targeting different repair pathways and proteins, including: RAD51, RPA, PSM2, MLH1, SMUG1 and WRN. All assays underwent optimization and validation in an in vitro cell model setting, including establishing baseline level of repair-protein associated DNA breaks and testing positive and negative controls. STRIDE methods, including classic variants measuring DNA breaks as well as novel customized assays focused on specific DNA repair proteins are complementary tools that can also be multiplexed with standard IF approaches. The flexibility of the STRIDE platform allows the design and introduction of new assays offering proximal readouts of a drug’s influence on DNA repair pathways that can help advancing drug candidates throughout the drug development process. Citation Format: Anna Uherek, Karolina Stępień, Olga Wójcikowska, Franek Sierpowski, Zsombor Prucsi, Monika Jarosz, Maja Białecka, Jakub Lechowski, Karolina Korpanty, Magdalena Kordon-Kiszala, Kamil Solarczyk. STRIDE as a technology platform for accurate measurement of DNA breaks and breaks-associated repair proteins [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Expanding and Translating Cancer Synthetic Vulnerabilities; 2024 Jun 10-13; Montreal, Quebec, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2024;23(6 Suppl):Abstract nr A018.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».