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Enregistrement W4399534328 · doi:10.1038/s41586-024-07639-y

The Space Omics and Medical Atlas (SOMA) and international astronaut biobank

2024· article· en· W4399534328 sur OpenAlexaff
Eliah Overbey, JangKeun Kim, Braden Tierney, Jiwoon Park, Nadia Houerbi, Alexander G. Lucaci, S. Medina, Namita Damle, Deena Najjar, Kirill Grigorev, Evan E. Afshin, Krista Ryon, Karolina Sienkiewicz, Laura Pătraș, Rémi Klotz, Veronica Ortiz, Matthew MacKay, Annalise Schweickart, Christopher R. Chin, Maria A. Sierra, Matías Fuentealba, Ezequiel Dantas, Theodore M. Nelson, Egle Cekanaviciute, Gabriel Deards, Jonathan Foox, S Narayanan, Caleb M. Schmidt, Michael A. Schmidt, Julian C. Schmidt, Sean Mullane, Seth Stravers Tigchelaar, Steven Levitte, Craig Westover, Chandrima Bhattacharya, Serena Lucotti, Jeremy Wain Hirschberg, Jacqueline Proszynski, Marissa Burke, Ashley S. Kleinman, Daniel Butler, Conor Loy, Omary Mzava, Joan Sesing Lenz, Doru Paul, Christopher Mozsary, Lauren Sanders, Lynn Taylor, Chintan Patel, Sharib Khan, Mir Suhail Mohamad, Syed Gufran Ahmad Byhaqui, Burhan Aslam, Aaron S. Gajadhar, Lucy Williamson, Purvi Tandel, Qiu Yang, Jessica Chu, Ryan W. Benz, Asim Siddiqui, Daniel Hornburg, Kelly Blease, Juan Carlos Moreno‐Piraján, Andrew M. Boddicker, Junhua Zhao, Bryan R. Lajoie, Ryan T. Scott, Rachel Gilbert, San-Huei Lai Polo, Andrew Altomare, Semyon Kruglyak, Shawn Levy, Ishara S. Ariyapala, Joanne C. Beer, Bingqing Zhang, Briana M. Hudson, Aric B.E. Rininger, S. Church, Afshin Beheshti, Scott M. Smith, Brian Crucian, Sara R. Zwart, Irina Matei, David Lyden, Francine E. Garrett-Bakelman, Jan Krumsiek, Qiuying Chen, Dawson Miller, Joe Shuga, Corey M. Nemec, Guy Trudel, Martin Pelchat, Odette Laneuville, Iwijn De Vlaminck, Steven S. Gross, Kelly L. Bolton, Susan M. Bailey, Richard D. Granstein, David Furman, Ari Melnick, Sylvain V. Costes, Bader Shirah, Min Yu, Anil Menon, Jaime Mateus, Cem Meydan, Christopher E. Mason

Notice bibliographique

RevueNature · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSpaceflight effects on biology
Établissements canadiensOttawa HospitalUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Cancer InstituteNational Institute of Mental Health
Mots-clésBiobankSpaceflightHuman spaceflightWeightlessnessAtlas (anatomy)MedicineBiologyBioinformaticsEngineeringSpace explorationPhysicsAnatomyAerospace engineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Spaceflight induces molecular, cellular and physiological shifts in astronauts and poses myriad biomedical challenges to the human body, which are becoming increasingly relevant as more humans venture into space 1–6 . Yet current frameworks for aerospace medicine are nascent and lag far behind advancements in precision medicine on Earth, underscoring the need for rapid development of space medicine databases, tools and protocols. Here we present the Space Omics and Medical Atlas (SOMA), an integrated data and sample repository for clinical, cellular and multi-omic research profiles from a diverse range of missions, including the NASA Twins Study 7 , JAXA CFE study 8,9 , SpaceX Inspiration4 crew 10–12 , Axiom and Polaris. The SOMA resource represents a more than tenfold increase in publicly available human space omics data, with matched samples available from the Cornell Aerospace Medicine Biobank. The Atlas includes extensive molecular and physiological profiles encompassing genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and microbiome datasets, which reveal some consistent features across missions, including cytokine shifts, telomere elongation and gene expression changes, as well as mission-specific molecular responses and links to orthologous, tissue-specific mouse datasets. Leveraging the datasets, tools and resources in SOMA can help to accelerate precision aerospace medicine, bringing needed health monitoring, risk mitigation and countermeasure data for upcoming lunar, Mars and exploration-class missions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,090

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0080,013
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0020,005
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0270,012

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations99
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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