Formation of left-handed helices by C2′-fluorinated nucleic acids under physiological salt conditions
Notice bibliographique
Résumé
Recent findings in cell biology have rekindled interest in Z-DNA, the left-handed helical form of DNA. We report here that two minimally modified nucleosides, 2'F-araC and 2'F-riboG, induce the formation of the Z-form under low ionic strength. We show that oligomers entirely made of these two nucleosides exclusively produce left-handed duplexes that bind to the Zα domain of ADAR1. The effect of the two nucleotides is so dramatic that Z-form duplexes are the only species observed in 10 mM sodium phosphate buffer and neutral pH, and no B-form is observed at any temperature. Hence, in contrast to other studies reporting formation of Z/B-form equilibria by a preference for purine glycosidic angles in syn, our NMR and computational work revealed that sequential 2'F…H2N and intramolecular 3'H…N3' interactions stabilize the left-handed helix. The equilibrium between B- and Z- forms is slow in the 19F NMR time scale (≥ms), and each conformation exhibited unprecedented chemical shift differences in the 19F signals. This observation led to a reliable estimation of the relative population of B and Z species and enabled us to monitor B-Z transitions under different conditions. The unique features of 2'F-modified DNA should thus be a valuable addition to existing techniques for specific detection of new Z-binding proteins and ligands.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».