Comparative RNA profiling identifies stage-specific phasiRNAs and co-expressed <i>Argonaute</i> genes in Bambusoideae and Pooideae species
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT PhasiRNAs (phased, small interfering RNAs) play a crucial role in supporting male fertility in grasses. Earlier work in maize ( Zea mays ) and rice ( Oryza sativa ) – and subsequently many other plant species – identified premeiotic 21-nt and meiotic 24-nt phasiRNAs. More recently, a group of premeiotic 24-nt phasiRNAs were discovered in the anthers of two Pooideae species, barley ( Hordeum vulgare ) and bread wheat ( Triticum aestivum ). The conservation of premeiotic 24-nt phasiRNAs and other classes of reproductive phasiRNAs across Pooideae species remains unclear. We conducted a comparative RNA profiling of three anther stages in six Pooideae species and one Bambusoideae species. We observed complex temporal accumulation patterns of 21-nt and 24-nt phasiRNAs in Pooideae and Bambusoideae grasses. In Bambusoideae, 21-nt phasiRNAs accumulated during meiosis, whereas 24-nt phasiRNAs were present in both premeiotic and postmeiotic stages. We identified premeiotic 24-nt phasiRNAs in all seven species examined. These phasiRNAs exhibit distinct biogenesis mechanisms and potential Argonaute effectors compared to meiotic 24-nt phasiRNAs. We show that specific Argonaute genes co-expressed with stage-specific phasiRNAs are conserved across Bambusoideae and Pooideae species. Our degradome analysis identified a set of conserved miRNA target genes across species, while 21-nt phasiRNAs targets were species-specific. Cleavage of few targets was observed for 24-nt phasiRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».