Partner specificity and latitudinal patterns of diversity in an algal-salamander mutualism
Notice bibliographique
Résumé
The mutualism between the green alga Oophila amblystomatis ((Lambert, 1905 ex Wille, 1909) and egg masses of the spotted salamander Ambystoma maculatum (Shaw) involves acquisition of algal cells from water, followed by their population growth within embryonic capsules of the egg mass. Sampling thus far has been of insufficient geographic and sequencing scale to quantify the specificity of partner choice and whether it varies latitudinally. We used PacBio and Illumina sequencing of the 18S rRNA gene to investigate diversity in egg capsule fluid harvested from five locales separated by 1° latitude. We re-analyzed 18S (V4) and chloroplast 16S (V4/V5) reads from previous work using denoising protocols, which, along with current data, produced 16.37 million reads. We detected no chlorophytes outside the Oophila clade and detected cercozoan protists and rhizophydialean fungi in some capsules. There was a mean of 10.14 3.40 amplicon sequence variants (ASVs) per sample for Oophila, ranging in prevalence from endemic to omnipresent. We observed among-locale variation in mean ASVs/sample, but not in a latitudinal pattern. However, the mean proportion of the two most prevalent ASVs varied as a function of latitude. Pairwise alignments of ASVs from the V4 region revealed an inverse relationship between sequence identity and relative abundance in read counts. We conclude that the specificity of this mutualism is high, but additional closely related ASVs, with varying relative abundance and prevalence, are detectable. This mutualism may be suited as a model with which to test theories of partner choice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».