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Enregistrement W4399724306 · doi:10.1101/2024.06.14.599041

Coordinated function of paired NLRs confers <i>Yr84</i> -mediated stripe rust resistance in wheat

2024· preprint· en· W4399724306 sur OpenAlexaff
Valentyna Klymiuk, Krystalee Wiebe, Harmeet Singh Chawla, Jennifer Ens, Rajagopal Subramaniam, Curtis Pozniak

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of ManitobaUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésStripe rustFunction (biology)Resistance (ecology)Rust (programming language)BiologyGeneticsAgronomyPlant disease resistanceComputer scienceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cloning of resistance genes expands our understanding of their function and facilitates their deployment in breeding. Here, we report the cloning of two genes from wild emmer wheat ( Triticum turgidum ssp. dicoccoides ) underlying Yr84 -mediated stripe rust resistance using a combination of fine mapping, long read-sequencing and mutation-induced functional validation. In contrast to all previously cloned stripe rust genes, the incompletely dominant Yr84 phenotype is conferred through the coordinated function of paired nucleotide-binding leucine-rich repeats (NLR) genes CNL and NL . We hypothesize that based on their genomic organization, annotation, expression profiles and predicted protein structure, CNL functions as a sensor NLR (sNLR) responsible for effector recognition, and NL acts as a helper NLR (hNLR) initiating downstream resistance cascades. The CNL and NL lack an integrated domain(s) previously implicated in effector recognition by paired NLRs, therefore these findings contribute new insights into plant paired NLRs structure and molecular mechanisms of function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,193
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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