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Enregistrement W4399729733 · doi:10.31274/td-20240617-262

Pathogenesis of intracellular organisms

2023· dissertation· en· W4399729733 sur OpenAlexfundno aff
K Phadke

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBurkholderia infections and melioidosis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMcGill University
Mots-clésBurkholderia pseudomalleiIntracellular parasiteBiologyMelioidosisMicrobiologyPathogenesisPathogenVirologyImmune systemObligateIntracellularInfectious disease (medical specialty)Human pathogenDiseaseAntibioticsImmunologyBacteriaGeneticsMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Intracellular pathogens are responsible for most of the infectious diseases that pose a threat to public health. This dissertation highlights two intracellular pathogens, Burkholderia pseudomallei and SARS-CoV-2, and discusses methods to study and treat them. Burkholderia pseudomallei causes the disease melioidosis which is predominantly a respiratory disease with a mortality rate as high as 40% if left untreated. A peculiar characteristic of the pathogen is its ability to invade and survive inside host cells protecting it from external antibiotics and the host immune system. This dissertation introduces a polyanhydride nanoparticle-based drug delivery system to increase the efficacy of known drugs against B. pseudomallei. We highlight meropenem and ceftazidime as our lead formulations that when encapsulated in nanoparticles can kill the bacteria more efficiently in vitro and in vivo. Viral pathogens, such as SARS-CoV-2 are obligate intracellular pathogens that use the host mechanisms to survive and replicate. SARS-CoV-2 first emerged in 2019 and has since evolved and adapted into multiple different variants. This dissertation focuses on 3 variants, namely, Wild type, Omicron and Delta. Studying pathogenesis of these variants helps us understand mechanisms important for viral infection that can be used to develop vaccines and antivirals. Here, we compared pathogenesis of the three variants in 5 cells lines to emphasize the importance of 2 host proteins, ACE2 and TMPRSS2. This study introduces a uniform comparison technique that can be altered as new variants emerge to further understand the evolution of the virus. COVID-19, the disease caused by SARS-CoV-2, is primarily a respiratory disease, but can also affect other parts of the body such as the brain. The neurological propensity of the virus has been observed in my clinical studies where viral titers and neurological symptoms were associated with COVID-19. In this dissertation we aimed to further investigate this phenomenon by setting up an in vitro model to study viral pathogenesis in the brain. We used human microglial cells (HMC3) that are the first responder to any infection or inflammation in the brain. We compared pathogenesis of 3 variants, Wild type, Omicron and Delta in HMC3 cells which highlighted an evolutionary change that was observed in Omicron and Delta but not in Wild type. These unique characteristic pavs the way for further investigation of SARS-CoV-2 brain infections and the mechanisms behind it. The two pathogens discussed here, although different, have a lot of commonalities, intracellular pathogenesis being the main one. This dissertation highlights the importance of studying emerging intracellular pathogens in multiple cell culture models to understand the host-pathogen interactions clearly. Additionally, it introduces a polyanhydride nanoparticle-based drug delivery system as an effective strategy against a B. pseudomallei, which can also be used against other intracellular pathogens like SARS-CoV-2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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Résumé présentoui

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