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Enregistrement W4399758996 · doi:10.1139/cjc-2024-0053

Insight into the molecular basis of the soluble storage-state to fibrous-state structural transformation of spider pyriform silk

2024· article· en· W4399758996 sur OpenAlexafffundvenue
Anupama Ghimire, Trần Thanh Tâm Phạm, Melissa A. Reith, Jan K. Rainey

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Chemistry · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueSilk-based biomaterials and applications
Établissements canadiensSaint Mary's UniversityDalhousie University
Organismes subventionnairesResearch Nova ScotiaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacsCanada Foundation for Innovation
Mots-clésChemistrySpider silkTransformation (genetics)SpiderSILKBasis (linear algebra)State (computer science)Polymer sciencePolymer chemistryComposite materialZoologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pyriform (or piriform) silk is a fibrous spider silk used in a composite material to attach web silks to substrates and disparate silk types together. Argiope argentata pyriform silk is formed from a protein with a central repetitive region consisting of a 234-amino acid unit (the “Py unit”) repeated 21 times. We have previously shown that the Py unit behaves modularly, with a structured core of 6 α-helices that retains its structuring upon truncation of N- and C-terminal intrinsically disordered segments. Here, we apply solution-state nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy to investigate the structured core of the Py unit. Based on 15 N spin relaxation measurements and reduced spectral density mapping at two field strengths, the α-helical core of the Py unit exhibits minimal backbone motion beyond the tumbling of the globular domain except for one inter-helical linker that exhibits a notably higher degree of dynamics. Evaluation of rotational diffusion based on 15 N spin relaxation and translational diffusion by pulsed field gradient diffusion NMR demonstrates that the core of the Py unit behaves as a compact structure, with hydrodynamic behaviour consistent with a well-packed protein. Pyriform silk protein undergoes a structural transformation upon conversion from the soluble-state to the fibrous-state, with a loss of α-helical content and gain of β-sheet content. The more dynamic segment we observe midway through the structured core of the Py core, especially in the context of the intrinsically disordered segments that flank the core, would provide an initiation point for decompaction, structural transformation, and/or intermolecular interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,321

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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