Genomic Approaches to Studying Transcription in the Protozoan Model Tetrahymena Thermophila
Notice bibliographique
Résumé
This aim of this research is to increase understanding on the process of transcription regulation using the model organism Tetrahymena thermophila. In the first aim of this research, I used the proteomic approach of affinity purification followed by mass spectrometry (AP-MS) in order to establish the conserved protein Anqa1 as a member of a MuvB-like complex in Tetrahymena. AP-MS identified high confidence interactions with Lin9 and RebL1, reinforcing the idea that these three proteins represent the core of a putative MuvB complex. AP-MS revealed interactions with other proteins such as the transcription factor MybL1, suggesting a potential formation of the activator MMB complex in Tetrahymena as seen in the interaction between MuvB and B-MYB in mammals. As part of this aim I also used Chromatin Immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing (ChIP-Seq) to detect Anqa1 binding sites and provide insight to its function, which helped discover a potential role of Anqa1 in transcription regulation. In the second aim of this research, to assist in the future characterization of the Mediator subunit Med31, I engineered a functional Med31-BirA* strain of Tetrahymena towards proximity labelling of Mediator associated proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».