METB-09. VARIANT WORKBENCH IN THE KIDS FIRST PROGRAM FACILITATES GENOMIC DISCOVERIES IN PEDIATRIC NEURO-ONCOLOGY RESEARCH
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Gabriella Miller Kids First Pediatric Research Program (Kids First) aims at facilitating researchers to uncover new insights into the biology of childhood cancer and structural birth defects, including the discovery of shared genetic pathways between these disorders. Kids First Data Resource Center developed the Kids First Data Resource Portal (KFDRP), which is a centralized data platform for both Kids First and collaborative cohorts. Currently, KFDRP facilitates data access for 40 studies with over 35,500 participants. To assist researchers and clinicians in identifying potential disease-causing germline variants in the human genome, KFDRP released the Variant WorkBench (VWB), which facilitates variant querying, manipulation, analysis, and visualization. Cavatica is a widely used bioinformatics analysis platform developed by Velsera. Compared to a previous version, the Cavatica-based VWB has better support for data import/export, more convenient sharing of notebooks and data, and easier billing details, with the same level of scalable, cloud-based computing. Additionally, Cavatica-based VWB has incorporated multiple public reference databases, including Cancer Hotspots, ClinVar, COSMIC, dbNSFP, gnomAD, TOPMed, as well as gene-phenotype links provided by OMIM, HPO, Orphanet, and the Deciphering Developmental Disorders Project. These databases have been converted to parquet files, reducing process time and memory usage compared to regular text files, thus speeding up data retrieval and querying. Furthermore, Cavatica empowers users to create and share custom analysis workflows tailored to specific research questions and datasets, enhancing data utility and analysis accuracy. Here we present a gene-based variant filtering workflow that aggregates information from dbNSFP, HGMD, TOPMed, gnomAD, and ClinVar. We identified 1202 pathogenic/likely pathogenic variants in NF1, a gene that helps regulate cell growth, across 582 pediatric brain tumor samples within 6 mins. Among the variants, there are 21 protein-altering variants. Overall, the upgraded VWB is more powerful, user-friendly, and adaptable.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,143 | 0,099 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».