CP-03. EXTRACELLULAR MATRIX REMODELING REVEALS NON-CELL AUTONOMOUS TUMOR FORMATION MECHANISM IN ADAMANTINOMATOUS CRANIOPHARYNGIOMAS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Adamantinomatous Craniopharyngioma (ACP) is a rare pituitary tumor of the sellar region, with a bimodal presentation pattern in children and middle-aged adults. ACPs are primarily driven by a mutation in CTNNB1 that prevents beta-catenin from degrading properly, resulting in accumulation in the nuclei of epithelial whorl-like structures sometimes referred to as cluster cells. Clinical management is challenging due to the location of the tumor, such that complete surgical resection is often not possible so radiation therapy, which can lead to high morbidity, is also used. Greater insight into these tumors can help develop less damaging treatment strategies. In this analysis we have employed single-cell RNA sequencing technology to examine seven pediatric human ACPs (28594 cells). Using consensus non-negative matrix factorization, and traditional marker genes, we have partitioned our dataset into several cell types including cluster cells, palisading epithelial cells, microglia, T-cells, B-cells, plasma cells, and fibroblasts. Though cluster cells themselves do not actively proliferate, we believe the complex inter-cellular signaling is responsible for tumor formation. We propose a model in which malignant fibroblasts form from the existing epithelium and remodel the extracellular matrix (ECM) creating a stiffened tumor microenvironment. To support this claim we show activation markers suggesting myofibroblast differentiation, the expression of EMT signatures indicating a transformation from epithelial to fibroblast, and RNA velocity analysis that demonstrates lineage tracing. We believe that the remodeling of the ECM is a wound healing response influenced by TGF-beta, SPP1, and other signaling pathways. Our analysis of ACPs reveals the role of the tumor microenvironment in the formation of these tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».