Metal ions limit or enhance environmental <scp>DNA</scp> detectability in marine sediments
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Natural matrices affect environmental DNA (eDNA) detections. Effects of matrix‐eluted compounds on the polymerase chain reaction (PCR) step have been the focus of most inhibition studies. Factors affecting eDNA detections in a typical laboratory workflow, i.e., DNA extraction and PCR steps, are mostly unknown. Here, we assessed the effect of four metal ions (Ca 2+ , Fe 3+ , Mn 2+ , Cu 2+ ) present in marine sediments on DNA detectability for both the extraction and the PCR detection steps. A single metal ion and exogenous DNA were added to marine sediments treated chemically to remove inhibitors. Our results showed that natural concentrations of calcium, iron, and manganese ions in surface marine sediments can impede completely DNA detections. Alternatively, copper ions added to the matrix increased DNA detectability by 7.7%. We also observed bimodal inhibitory effects of calcium and iron ions on DNA detectability, suggesting that the extraction and the PCR steps are both affected. Our findings highlight new limitations of eDNA detections. Avenues to optimize eDNA detection protocols applicable to multiple matrices are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,015 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».