Targeted metagenomics reveals pangenomic diversity of the nitroplast (UCYN-A) and its algal host plastid
Notice bibliographique
Résumé
UCYN-A (Cand. Atelocyanobacterium thalassa) has recently been recognized as a globally-distributed, early stage, nitrogen-fixing organelle (the 'nitroplast') of cyanobacterial origin present in select species of haptophyte algae (e.g., Braarudosphaera bigelowii). Although the nitroplast was recognized as the UCYN-A2 sublineage, it is yet to be confirmed in other sublineages of the algal/UCYN-A complex. We used water samples collected from Halifax Harbour (Bedford Basin, Nova Scotia, Canada) and the offshore Scotian Shelf to further our understanding of B. bigelowii and UCYN-A in the coastal Northwest Atlantic. Sequencing data revealed UCYN-A-associated haptophyte signatures and yielded near-complete metagenome-assembled genomes (MAGs) for UCYN-A1, UCYN-A4, and the plastid of the A4-associated haptophyte. Comparative genomics provided new insights into the pangenome of UCYN-A. The UCYN-A4 MAG is the first genome sequenced from this sublineage and shares ~85% identity with the UCYN-A2 nitroplast. Genes missing in the reduced genome of the nitroplast were also missing in the A4 MAG supporting its likely classification as a nitroplast as well. The UCYN-A1 MAG was found to be nearly 100% identical to the reference genome despite coming from different ocean basins. Time-series data paired with the recurrence of specific microbes in enrichment cultures gave insight into the microbes that frequently co-occur with the algal/UCYN-A complex (e.g., Pelagibacter ubique). Overall, our study expands knowledge of UCYN-A and its host across major ocean basins and investigates their co-occurring microbes in the coastal Northwest Atlantic (NWA), thereby facilitating future studies on the underpinnings of haptophyte-associated diazotrophy in the sea.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».