Proteomic Blueprint of Atlantic Cod (Gadus morhua) Otoliths Revealing Environmental Stress Insights through Label-Free Quantitative Shotgun Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
Otoliths of the fish’s inner ear serve as a natural chronological recorder because of their continuous formation marked by daily, monthly, and annual increments. Despite their importance, the comprehensive protein content of otoliths remains not fully identified. Using the label-free shotgun proteomics method with one-dimensional liquid chromatography coupled to electrospray ionization-orbitrap tandem mass spectrometry, we quantified a broad range of proteins, with individual otoliths containing between 1341 and 1839 proteins. The identified proteins could potentially serve as a blueprint for fish growth from embryo to adult. We quantified eleven heat-shock proteins (HSPs) in both sexes and several proteins impacted by endocrine disruptors, indicating the otolith’s capacity to reflect environmental stress, potentially linked to climate change effects and altering of hormonal and neuroendocrine functions. Our bioinformatic ontology analysis confirmed the presence of proteins critical for various biological processes, including structural and enzymatic proteins. Protein–protein interaction (PPI) mapping also identified key interactions between the identified proteins. These findings significantly advance our understanding of otolith proteomics, offering a solid foundation for future work. Most of the identified proteins deposited daily and influenced by the environment were not implicated in the biomineralization of otolith, raising the potential for the otolith proteome to recreate details of fish life history at previously unrealized levels.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».