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Enregistrement W4400014754 · doi:10.1101/2024.06.23.600306

Characterizing putative glycosyltransferases within the flagella glycosylation island (FGI) of <i>Aeromonas hydrophila</i> ATCC 7966 <sup>T</sup>

2024· preprint· en· W4400014754 sur OpenAlexaff
Kelly M. Fulton, Elena Mendoza-Barberà, Juan M. Tomás, Susan M. Twine, Jeffrey C. Smith, Susana Merino

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensNational Research Council CanadaCarleton University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGlycosyltransferaseAeromonas hydrophilaFlagellumGlycosylationMicrobiologyBiologyGeneGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Motility is an important virulence factor for many pathogenic bacteria, enabling locomotion towards favourable conditions and away from hostile environments. Flagellar-mediated motility is driven by one or more flagellar filaments that extend outside of the cell and rapidly rotate to generate movement. These filaments are assembled through the polymerization of thousands of copies of structural flagellin proteins. It has been shown that flagellin glycosylation is often a prerequisite for proper flagella structure and function. Aeromonas hydrophila ATCC 7966 T , a clinical and environmental pathogen, elaborates a single polar flagellum. The polar flagellin structural proteins FlaA and FlaB are glycosylated with a heterologous collection of complex penta- and hexa-saccharide chains. This study characterized the involvement of four genes with homology to known glycosyltransferases located within the A. hydrophila ATCC 7966 T flagellar glycosylation island (FGI) in the biosynthesis of the complex polysaccharide glycans modifying the polar flagellins. Deletion of genes AHA_4167 , AHA_4169 , AHA_4170 , and AHA_4171 were observed to have truncated glycans with sequentially shorter chain length, and all of these mutant strains had reduced motility compared to wild type bacteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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