Allopolyploidization events and immense paleogenome reshuffling underlying the diversification of plants and secondary metabolites in Oleaceae
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Oleaceae, a eudicot family with great species diversity, has attracted much attention from botanists because it contains many plants with important economic, medicinal, and ornamental values. However, the history of polyploidization and ancestral genome reshuffling of Oleaceae remains unclear. Here, we clarified an Oleaceae‐common hexaploidization (OCH) event occurring at ~53–61 million years ago (Ma) common in all Oleaceae plants and an Oleaceae‐recent tetraploidization (ORT) event occurring at ~18–21 Ma shared by the lineages of Syringa , Olea , Osmanthus , and Fraxinus . We found that high‐frequency polyploidization events drove the frequency of gene loss in Oleaceae genomes and extended the size of regions containing adjacent gene loss, thereby promoting the degree of genome fragmentation. We revealed that biased fractionation between the OCH‐ and ORT‐produced subgenomes is likely attributed to the origin of allopolyploidization in the OCH and ORT events. Significantly, through paleochromosome rearrangement comparisons, we proposed a "two‐step" genome duplication model for OCH and determined the duplicated orders of OCH tripled genome. We reconstructed 11 protochromosomes of the most recent ancestral Oleaceae karyotype (AOK) and elucidated the trajectories of immense paleochromosome reorganization of Oleaceae species from ancestral eudicot karyotype. Notably, we tracked the diversification history of secondary metabolite synthesis genes in the Oleaceae and explored the effects of paleogenome evolution on specialized metabolite synthesis. Our findings provide new insights into the polyploidization and paleogenomic evolution of Oleaceae and have important scientific significance for understanding the genetic basis of species and secondary metabolic diversity in Oleaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».