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Enregistrement W4400224575 · doi:10.1038/s41467-024-49439-y

Improving laboratory animal genetic reporting: LAG-R guidelines

2024· review· en· W4400224575 sur OpenAlexaff
Lydia Teboul, James Amos‐Landgraf, Fernando Benavides, Marie‐Christine Birling, Steve D. M. Brown, Elizabeth C. Bryda, Rosie Bunton-Stasyshyn, Hsian‐Jean Chin, Martina Crispo, Fabien Delerue, Michael Dobbie, Craig L. Franklin, Ernst‐Martin Füchtbauer, Xiang Gao, Christelle Golzio, Rebecca Haffner, Yann Hérault, Martin Hrabě de Angelis, K. C. Kent Lloyd, Terry Magnuson, Lluı́s Montoliu, Stephen A. Murray, Ki‐Hoan Nam, Lauryl M. J. Nutter, Éric Pailhoux, Fernando Pardo‐Manuel de Villena, Kevin A. Peterson, Laura G. Reinholdt, Radislav Sedláček, Je Kyung Seong, Toshihiko Shiroishi, Cynthia L. Smith, Toru Takeo, Jonathon M. Tinsley, Jean-Luc Vilotte, Søren Warming, Bruce Whitelaw, Atsushi Yoshiki, Chi‐Kuang Leo Wang, Jacqueline Marvel, Ana Zarubica, Sara Wells, Jason D. Heaney, Ian Korf, Cathleen Lutz, Andrew J. Kueh, Paul Q. Thomas, Ruth M. Arkell, Graham J. Mann, Guillaume Pavlovic

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typereview
Langueen
DomaineVeterinary
ThématiqueAnimal testing and alternatives
Établissements canadiensToronto Centre for PhenogenomicsSickKids Foundation
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilMedical Research CouncilNational Science and Technology CouncilAgence Nationale de la RechercheAkademie Věd České RepublikyNational Cancer InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésStandardizationDocumentationReplication (statistics)Computer scienceReliability (semiconductor)Consistency (knowledge bases)Data scienceMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The biomedical research community addresses reproducibility challenges in animal studies through standardized nomenclature, improved experimental design, transparent reporting, data sharing, and centralized repositories. The ARRIVE guidelines outline documentation standards for laboratory animals in experiments, but genetic information is often incomplete. To remedy this, we propose the Laboratory Animal Genetic Reporting (LAG-R) framework. LAG-R aims to document animals' genetic makeup in scientific publications, providing essential details for replication and appropriate model use. While verifying complete genetic compositions may be impractical, better reporting and validation efforts enhance reliability of research. LAG-R standardization will bolster reproducibility, peer review, and overall scientific rigor.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,956
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,438
Tête enseignante GPT0,548
Écart entre enseignants0,110 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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