CSF Proteomics in Patients With Progressive Supranuclear Palsy
Notice bibliographique
Résumé
Background and Objectives Identification of fluid biomarkers for progressive supranuclear palsy (PSP) is critical to enhance therapeutic development. We implemented unbiased DNA aptamer (SOMAmer) proteomics to identify novel CSF PSP biomarkers. Methods This is a cross-sectional study in original (18 clinically diagnosed PSP-Richardson syndrome [PSP-RS], 28 cognitively healthy controls]), validation (23 PSP-RS, 26 healthy controls), and neuropathology-confirmed (21 PSP, 52 non-PSP frontotemporal lobar degeneration) cohorts. Participants were recruited through the University of California, San Francisco, and the 4-Repeat Neuroimaging Initiative. The original and neuropathology cohorts were analyzed with the SomaScan platform version 3.0 (5026-plex) and the validation cohort with version 4.1 (7595-plex). Clinical severity was measured with the PSP Rating Scale (PSPRS). CSF proteomic data were analyzed to identify differentially expressed targets, implicated biological pathways using enrichment and weighted consensus gene coexpression analyses, diagnostic value of top targets with receiver-operating characteristic curves, and associations with disease severity with linear regressions. Results A total of 136 participants were included (median age 70.6 ± 8 years, 68 [50%] women). One hundred fifty-five of 5,026 (3.1%), 959 of 7,595 (12.6%), and 321 of 5,026 (6.3%) SOMAmers were differentially expressed in PSP compared with controls in original, validation, and neuropathology-confirmed cohorts, with most of the SOMAmers showing reduced signal (83.1%, 95.1%, and 73.2%, respectively). Three coexpression modules were associated with PSP across cohorts: (1) synaptic function/JAK-STAT (β = −0.044, corrected p = 0.002), (2) vesicle cytoskeletal trafficking (β = 0.039, p = 0.007), and (3) cytokine-cytokine receptor interaction (β = −0.032, p = 0.035) pathways. Axon guidance was the top dysregulated pathway in PSP in original (strength = 1.71, p < 0.001), validation (strength = 0.84, p < 0.001), and neuropathology-confirmed (strength = 0.78, p < 0.001) cohorts. A panel of axon guidance pathway proteins discriminated between PSP and controls in original (area under the curve [AUC] = 0.924), validation (AUC = 0.815), and neuropathology-confirmed (AUC = 0.932) cohorts. Two inflammatory proteins, galectin-10 and cytotoxic T lymphocyte-associated protein-4, correlated with PSPRS scores across cohorts. Discussion Axon guidance pathway proteins and several other molecular pathways are downregulated in PSP, compared with controls. Proteins in these pathways may be useful targets for biomarker or therapeutic development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».