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Enregistrement W4400345957 · doi:10.1101/2024.07.04.24309755

Biallelic variants in <i>POPDC2</i> cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy

2024· preprint· en· W4400345957 sur OpenAlexaff
Michele Nicastro, Alexa M.C. Vermeer, Pieter G. Postema, Rafik Tadros, Forrest Z. Bowling, Hildur M. Aegisdottir, Vinicius Tragante, Lukas Mach, Alex V. Postma, Elisabeth M. Lodder, Karel van Duijvenboden, Rob Zwart, Leander Beekman, Lingshuang Wu, Paul A. van der Zwaag, Mariëlle Alders, Mona Allouba, Yasmine Aguib, J. Luis Santomel, David de Uña, Lorenzo Monserrat, Antonio M. A. Miranda, Kazumasa Kanemaru, James Cranley, Ingeborg E. van Zeggeren, Eleonora Aronica, Michela Ripolone, Simona Zanotti, Garðar Sveinbjörnsson, Erna V. Ivarsdottir, Hilma Hólm, Daníel F. Guðbjartsson, Ástrós Skúladóttir, Lincoln Nadauld, Kirk U. Knowlton, Sisse Rye Ostrowski, Erik Sørensen, Ole Birger Pedersen, Jonas Ghouse, Søren A Rand, Henning Bundgaard, Henrik Ullum, Christian Erikstrup, Bitten Aagaard, Mie Topholm Bruun, Mette Christiansen, Henrik Kjærulf Jensen, Deanna Alexis Carere, Christopher T. Cummings, Kristen Fishler, Pernille Mathiesen Tøring, Klaus Brusgaard, Trine Juul, Lotte Saaby, Bo Gregers Winkel, Jens Mogensen, Francesco Fortunato, Giacomo P. Comi, Dario Ronchi, J. Peter van Tintelen, Michela Noseda, Michael V. Airola, Imke Christiaans, Arthur A.M. Wilde, Ronald Wilders, Sally‐Ann B. Clur, Arie O. Verkerk, Connie R. Bezzina, Najim Lahrouchi

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesZonMwNational Institute for Health and Care ResearchNIHR Imperial Biomedical Research CentreNational Institutes of HealthBritish Society for Heart FailureRosetrees TrustDeutsches Zentrum für Herz-KreislaufforschungNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekBritish Heart FoundationWellcome TrustAmerican Heart Association
Mots-clésGene knockdownSick sinus syndromeHypertrophic cardiomyopathyZebrafishAtrioventricular nodePhenotypeSinus bradycardiaBiologyInternal medicineMedicineCardiomyopathyEndocrinologyGeneGeneticsBradycardiaHeart failure

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT POPDC2 encodes for the Popeye domain-containing protein 2 which has an important role in cardiac pacemaking and conduction, due in part to its cAMP-dependent binding and regulation of TREK-1 potassium channels. Loss of Popdc2 in mice results in sinus pauses and bradycardia and morpholino knockdown of popdc2 in zebrafish results in atrioventricular (AV) block. We identified bi-allelic variants in POPDC2 in 4 families that presented with a phenotypic spectrum consisting of sinus node dysfunction, AV conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy. Using homology modelling we show that the identified POPDC2 variants are predicted to diminish the ability of POPDC2 to bind cAMP. In in vitro electrophysiological studies we demonstrated that, while co-expression of wild-type POPDC2 with TREK-1 increased TREK-1 current density, POPDC2 variants found in the patients failed to increase TREK-1 current density. While patient muscle biopsy did not show clear myopathic disease, it showed significant reduction of the expression of both POPDC1 and POPDC2, suggesting that stability and/or membrane trafficking of the POPDC1–POPDC2 complex is impaired by pathogenic variants in any of the two proteins. Single-cell RNA sequencing from human hearts demonstrated that co-expression of POPDC1 and 2 was most prevalent in AV node, AV node pacemaker and AV bundle cells. Sinoatrial node cells expressed POPDC2 abundantly, but expression of POPDC1 was sparse. Together, these results concur with predisposition to AV node disease in humans with loss-of-function variants in POPDC1 and POPDC2 and presence of sinus node disease in POPDC2, but not in POPDC1 related disease in human. Using population-level genetic data of more than 1 million individuals we showed that none of the familial variants were associated with clinical outcomes in heterozygous state, suggesting that heterozygous family members are unlikely to develop clinical manifestations and therefore might not necessitate clinical follow-up. Our findings provide evidence for POPDC2 as the cause of a novel Mendelian autosomal recessive cardiac syndrome, consistent with previous work showing that mice and zebrafish deficient in functional POPDC2 display sinus and AV node dysfunction. GRAPHICAL ABSTRACT

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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