Cryo-EM of AKAP350 reveals fibrillar clusters and a potential association with DNA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Protein kinase A (PKA) is a promiscuous serine/threonine kinase that phosphorylates a broad-spectrum of effectors involved in vital processes such as glucose, glycogen, and lipid metabolism. Its activity is thus tightly controlled by a family of eukaryotic scaffolding proteins known as the A-kinase anchoring proteins (AKAPs) that confine PKA signaling to specific compartments in the cell. AKAP350 (the protein encoded by AKAP9 ) is a massive scaffolding protein that anchors PKA to the Golgi apparatus and the centrosome where it nucleates macromolecular signaling hubs that control microtubule nucleation and dynamics. Here, we have expressed and purified full-length AKAP350 from HEK293F cells in a functional conformation. Electron cryo-microscopy (cryo-EM) of the purified protein revealed polydisperse particles forming fibrillar clusters around 50 nm in diameter, and long, thin filaments that reconstructed into double-stranded DNA. Tomographic reconstruction of a tilt series of the purified protein by electron cryo-tomography (cryo-ET) further elucidated these fibrillar clusters as 3D bundles of entangled filaments. Mass spectrometry and DNA sequencing confirmed the co-purification of DNA and DNA binding proteins such as nuclear factor 1 B (NFIB) and nucleolin (NCL). Pulldown of NFIB and NCL, but not of CEP290, CDK5RAP2, and CEP170 was diminished in the presence of DNase-I, suggesting that AKAP350 interaction with these two proteins is mediated by DNA. Overall, this study has achieved a quality purification of AKAP350 from which a previously uncharacterized interaction landscape with DNA and DNA binding proteins was discovered.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».