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Enregistrement W4400378329 · doi:10.1101/2024.07.02.601742

Repeated cases of allopatric divergence and secondary contact in cattail ( <i>Typha</i> ) speciation

2024· preprint· en· W4400378329 sur OpenAlexaff
Alberto Aleman, Aaron B. A. Shafer, Joanna R. Freeland, Marcel E. Dorken

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensTrent University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAllopatric speciationDivergence (linguistics)Genetic algorithmTyphaSelection (genetic algorithm)BiologyEvolutionary biologyEcologyWetlandComputer sciencePopulationArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Understanding how speciation unfolds is a central goal of evolutionary biology. Historically, global climatic fluctuations have triggered allopatric diversification. Using genome-wide data, we reconstructed the phylogenetic relationships and demographic histories of five Typha species, a plant genus foundational to freshwater ecosystems, with widespread, partially sympatric ranges and at least one widespread, regionally invasive hybrid zone ( Typha × glauca ). Molecular clock and demographic analyses indicate that the species in this study diverged in the absence of gene flow, during periods roughly contemporaneous with population bottlenecks and expansions in Typha —likely triggered by geoclimatic events—and that this divergence was followed by secondary contact in more recent times. Genomic scans showed no evidence of selection with gene flow driving species differentiation, suggesting a minor role for sympatric ecological speciation underlying divergence. These observations are consistent with expectations for drift-driven allopatric speciation. Allopatric speciation in T. latifoli a and T. angustifolia , their low genetic differentiation, and the scarcity of ecological divergence in building their reproductive isolation could explain these species’ ability to hybridise.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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