Repeated plague infections across six generations of Neolithic Farmers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In the period between 5,300 and 4,900 calibrated years before present (cal. bp ), populations across large parts of Europe underwent a period of demographic decline 1,2 . However, the cause of this so-called Neolithic decline is still debated. Some argue for an agricultural crisis resulting in the decline 3 , others for the spread of an early form of plague 4 . Here we use population-scale ancient genomics to infer ancestry, social structure and pathogen infection in 108 Scandinavian Neolithic individuals from eight megalithic graves and a stone cist. We find that the Neolithic plague was widespread, detected in at least 17% of the sampled population and across large geographical distances. We demonstrate that the disease spread within the Neolithic community in three distinct infection events within a period of around 120 years. Variant graph-based pan-genomics shows that the Neolithic plague genomes retained ancestral genomic variation present in Yersinia pseudotuberculosis , including virulence factors associated with disease outcomes. In addition, we reconstruct four multigeneration pedigrees, the largest of which consists of 38 individuals spanning six generations, showing a patrilineal social organization. Lastly, we document direct genomic evidence for Neolithic female exogamy in a woman buried in a different megalithic tomb than her brothers. Taken together, our findings provide a detailed reconstruction of plague spread within a large patrilineal kinship group and identify multiple plague infections in a population dated to the beginning of the Neolithic decline.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».