MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4400492020 · doi:10.1038/s41586-024-07493-y

Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease

2024· article· en· W4400492020 sur OpenAlexaff
Thomas Wälchli, Moheb Ghobrial, Marc Schwab, Shigeki Takada, Hang Zhong, Samuel Suntharalingham, Sandra Vetiska, Daymé Rodrigues Gonzalez, Ruilin Wu, Hubert Rehrauer, Anuroopa Dinesh, Kai Yu, Edward L.Y. Chen, Jeroen Bisschop, Fiona Farnhammer, Ann Mansur, Joanna Kalucka, Itay Tirosh, Luca Regli, Karl Schaller, Karl Frei, Troy Ketela, Mark Bernstein, Paul Kongkham, Peter Carmeliet, Taufik A. Valiante, Peter B. Dirks, Mario L. Suvà, Gelareh Zadeh, Viviane Tabar, Ralph Schlapbach, Hartland W. Jackson, Katrien De Bock, Jason E. Fish, Philippe P. Monnier, Gary D. Bader, Ivan Radovanovic

Notice bibliographique

RevueNature · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensKrembil FoundationInstitute of Cancer ResearchOntario Institute for Cancer ResearchOntario Brain InstituteHospital for Sick ChildrenSinai Health SystemPrincess Margaret Cancer CentreLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteSickKids FoundationUniversity Health NetworkUniversity of TorontoToronto General HospitalToronto Western Hospital
Organismes subventionnairesSteno Diabetes Center AarhusNational Cancer InstituteNational Institute of General Medical SciencesLundbeckfonden
Mots-clésHuman brainBiologyCell typeEndothelial stem cellCentral nervous systemCircumventricular organsNeuroscienceEndotheliumPathologyCellMedicineIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

. Here we performed single-cell RNA sequencing analysis of 606,380 freshly isolated endothelial cells, perivascular cells and other tissue-derived cells from 117 samples, from 68 human fetuses and adult patients to construct a molecular atlas of the developing fetal, adult control and diseased human brain vasculature. We identify extensive molecular heterogeneity of the vasculature of healthy fetal and adult human brains and across five vascular-dependent central nervous system (CNS) pathologies, including brain tumours and brain vascular malformations. We identify alteration of arteriovenous differentiation and reactivated fetal as well as conserved dysregulated genes and pathways in the diseased vasculature. Pathological endothelial cells display a loss of CNS-specific properties and reveal an upregulation of MHC class II molecules, indicating atypical features of CNS endothelial cells. Cell-cell interaction analyses predict substantial endothelial-to-perivascular cell ligand-receptor cross-talk, including immune-related and angiogenic pathways, thereby revealing a central role for the endothelium within brain neurovascular unit signalling networks. Our single-cell brain atlas provides insights into the molecular architecture and heterogeneity of the developing, adult/control and diseased human brain vasculature and serves as a powerful reference for future studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations147
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNatureMême sujetSingle-cell and spatial transcriptomicsTravaux en français237 207