Serotype distribution of invasive pneumococcal disease from countries of the WHO Africa, Americas, Eastern Mediterranean, South-East Asia, and Western Pacific regions: a systematic literature review from 2010 to 2021
Notice bibliographique
Résumé
Background: Most publications on invasive pneumococcal disease (IPD) serotype distribution are from about 20 countries (Australia, Canada, China, European Union members, Japan, New Zealand, South Korea, and USA). Here, we reviewed the literature among underrepresented countries in the Americas (AMRO), Africa (AFRO), Eastern Mediterranean (EMRO), South-East Asia (SEARO), and Western Pacific (WPRO) WHO regions. Methods: We performed a systematic review of the most recent IPD serotype surveillance publications (from 01/01/2010 to 31/12/2021, Medline/Embase) in those WHO regions. Selection criteria were delineated by contemporality, within-country geographical scope, and number of samples. Reported serotype distributions for each country were stratified by age group, pneumococcal conjugate vaccine (PCV) serotype category (considering undifferentiated serotypes), and PCV program period (pre-PCV, intermediate, or PCVhv [higher valency PCV formulation]). Pre-PCV period pooled data estimated PCV serotype category distribution by age group across WHO regions, while for the PCVhv period, country-level dataset tables were prepared. Results: Of 2,793 publications screened, 107 were included (58 pediatric, 11 adult, 37 all ages, and one comprising every age group). One-third of eligible countries (51/135) published serotype distribution, ranging from 30 to 43% by WHO region. Considering number of samples per WHO region, a few countries prevailed: AMRO (Brazil), AFRO (South Africa, Malawi, and Burkina Faso), and WPRO (Taiwan). In the pre-PCV period, PCV13 formulation serotypes predominated: ranging from 74 to 85% in children and 58-86% in adults in the different WHO regions. The PCVhv period represented half of the most recent IPD surveillance by countries (26/51). Undifferentiated serotypes represented >20% of IPD from most countries (34/51). Conclusion: Ubiquity of undifferentiated serotypes among the publications could constrain estimates of PCV program impact and of serotype coverage for newer PCVhv formulations; consequently, we recommend that countries favor techniques that identify serotypes specifically and, rather than reporting PCV formulation serotype distributions, provide serotype results individually. Systematic review registration: The protocol has been prospectively registered at PROSPERO, identifier: CRD42021278501. https://www.crd.york.ac.uk/prospero/display_record.php?RecordID=278501.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,005 |
| Bibliométrie | 0,027 | 0,035 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».