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Enregistrement W4400572285 · doi:10.1016/j.microb.2024.100125

Deletion of HindIIR and HindIIIR improves DNA transfer via electroporation to Haemophilus influenzae Rd

2024· article· en· W4400572285 sur OpenAlexaff
Samir Hamadache, Yu Kang Huang, Adam Shedeed, Aqil Syed, Bogumil J. Karas

Notice bibliographique

RevueThe Microbe · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésElectroporationHaemophilus influenzaePlasmidBiologyTransformation (genetics)MicrobiologyDNAGeneticsComputational biologyAntibioticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Haemophilus influenzae is a bacterial species of interest for its medical relevance and utility as a model system. Despite its role in several landmark molecular and synthetic biology studies, H. influenzae remains underexplored as a potential chassis organism. The limited availability of reliable and convenient transformation methods and genetic tools for H. influenzae are obstacles to this end. However, a strain of H. influenzae Rd KW20 lacking the type II restriction endonucleases Hin dII and Hin dIII has previously been developed. Here, we show that this strain is more readily transformable by electroporation than wild-type Rd KW20. We also developed a series of multi-host plasmids carrying antibiotic selection and fluorescent visual markers based on the pSU20 vector. The availability of H. influenzae Δ Hin dII/III, paired with the electroporation method and plasmids presented here, will promote the exploration of H. influenzae as a host organism for synthetic biology applications. • Deletion of HindII and HindIII in H. influenzae Rd KW20 improves transformation efficiency via electroporation. • Developed pSU20-based plasmids with antibiotic and fluorescent markers, compatible with various bacterial hosts. • Method was developed for preparing electrocompetent H. influenzae cells and transforming them via electroporation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,317

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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