Exploring an Intracellular Allosteric Site of CC-Chemokine Receptor 4 from 3D Models, Probe Simulations, and Mutagenesis
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide We applied our previously developed probe confined dynamic mapping protocol, which combines enhanced sampling molecular dynamics (MD) simulations and fragment-based approaches, to identify the binding site of GSK2239633A ( N -[[3-[[3-[(5-chlorothiophen-2-yl)sulfonylamino]-4-methoxyindazol-1-yl]methyl]phenyl]methyl]-2-hydroxy-2-methylpropanamide), a selective CC-chemokine receptor type 4 (CCR4) negative allosteric modulator, using CCR4 homology and AlphaFold models. By comparing the performance across five computational models, we identified conserved (K310 8.49 and Y304 7.53 ) and non-conserved (M243 6.36 ) residue hotspots for GSK2239633A binding, which were validated by mutagenesis and bioluminescence resonance energy transfer assay. Further analysis of 3D models and MD simulations highlighted the pair of residues 6.36 and 7.56 that might account for antagonist selectivity among chemokine receptors. Our in silico protocol provides a promising approach for characterizing ligand binding sites in membrane proteins, considering receptor dynamics and adaptability and guiding protein template selection for ligand design.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle