PyChelator: a Python-based Colab and web application for metal chelator calculations
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Metal ions play vital roles in regulating various biological systems, making it essential to control the concentration of free metal ions in solutions during experimental procedures. Several software applications exist for estimating the concentration of free metals in the presence of chelators, with MaxChelator being the easily accessible choice in this domain. This work aimed at developing a Python version of the software with arbitrary precision calculations, extensive new features, and a user-friendly interface to calculate the free metal ions. RESULTS: We introduce the open-source PyChelator web application and the Python-based Google Colaboratory notebook, PyChelator Colab. Key features aim to improve the user experience of metal chelator calculations including input in smaller units, selection among stability constants, input of user-defined constants, and convenient download of all results in Excel format. These features were implemented in Python language by employing Google Colab, facilitating the incorporation of the calculator into other Python-based pipelines and inviting the contributions from the community of Python-using scientists for further enhancements. Arbitrary-precision arithmetic was employed by using the built-in Decimal module to obtain the most accurate results and to avoid rounding errors. No notable differences were observed compared to the results obtained from the PyChelator web application. However, comparison of different sources of stability constants showed substantial differences among them. CONCLUSIONS: PyChelator is a user-friendly metal and chelator calculator that provides a platform for further development. It is provided as an interactive web application, freely available for use at https://amrutelab.github.io/PyChelator , and as a Python-based Google Colaboratory notebook at https://colab. RESEARCH: google.com/github/AmruteLab/PyChelator/blob/main/PyChelator_Colab.ipynb .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».