Cryo-EM Structures of <i>Saccharolobus solfataricus</i> Initiation Complexes with Leaderless mRNAs Highlight Archaeal Features and Eukaryotic Proximity
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The archaeal ribosome is of the eukaryotic type. Genomic and phylogenetic studies have indicated that TACK and Asgard, the closest relatives of eukaryotes, have ribosomes containing eukaryotic ribosomal proteins not found in other archaeal branches, eS25, eS26 and eS30. In our study, we investigated the case of Saccharolobus solfataricus , a crenarchaeon belonging to the TACK branch, which mainly uses leaderless mRNAs. We characterized the small ribosomal subunit of S. solfataricus bound to SD-leadered or leaderless mRNAs (lmRNAs). Cryo-EM structures show for the first time archaeal versions of eS25, eS26 and eS30 proteins bound to the small subunit. In addition, we identify two novel ribosomal proteins named aS33 and aS34 as well as a domain of eS6, that highlight the diversity of archaeal ribosomes. Leaderless mRNAs are bound to the small ribosomal subunit, and the 5’-triphosphate group contributes to their binding. Archaeal eS26 is in the mRNA exit channel wrapped around the 3’ end of ribosomal RNA, as it is in eukaryotes. Its position is not compatible with an SD:antiSD duplex in the mRNA exit channel. Overall, our results suggest a role of eS26 in translation regulation and possible evolutionary routes from archaeal to eukaryotic translation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».