Epigenome-wide association study for dilated cardiomyopathy in left ventricular heart tissue identifies putative gene sets associated with cardiac development and early indicators of cardiac risk
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Methylation changes linked to dilated cardiomyopathy (DCM) affect cardiac gene expression. We investigate DCM mechanisms regulated by CpG methylation using multi-omics and causal analyses in the largest cohort of left ventricular tissues available. Methods We mapped DNA methylation at ∼850,000 CpG sites, performed array-based genotyping and RNA sequencing in left-ventricular tissue samples from failing and non-failing hearts across two independent DCM cohorts (discovery n=329, replication n=85). Summary data-based Mendelian Randomization (SMR) was applied to explore the causal contribution of sentinel CpGs to DCM. Fine-mapping of regions surrounding sentinel CpGs revealed additional signals for cardiovascular disease risk factors. Coordinated changes across multiple CpG sites were examined using weighted gene correlation network analysis (WGCNA). Results We identified 194 epigenome-wide significant CpGs associated with DCM (discovery P<5.96E-08), enriched in active chromatin states in heart tissue. Amongst these, 183 sentinel CpGs significantly influenced the expression of 849 proximal genes (±1Mb). SMR suggested the causal contribution of two sentinel CpGs to DCM and 36 sentinel CpGs to the expression of 43 unique proximal genes (P<0.05). Colocalization analyses indicated that a single causal variant may underlie the methylation-gene expression relationship for three sentinel CpGs. Fine-mapping revealed additional signals linked to cardiovascular traits including hsCRP and blood pressure. Co-methylation modules were enriched in genes related to cardiac physiological and pathological processes and their corresponding transcriptional regulators. Conclusions Using the largest series of left ventricular tissue to date, this study investigates the causal role of cardiac methylation changes in DCM and suggests targets for experimental studies to probe DCM pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».