Specifications of standards in systems and synthetic biology: status, developments, and tools in 2024
Notice bibliographique
Résumé
The “COmputational Modeling in BIology NEtwork” (COMBINE) initiative aims to harmonise the development of diverse community standards for computational models in biology [<a class="link link-bibr" title="1. Hucka, M, Nickerson, DP, Bader, GD, Bergmann, FT, Cooper, J, Demir, E, et al.. Promoting coordinated development of community-based information standards for modeling in biology: the COMBINE initiative. Front Bioeng Biotechnol 2015;3:1–6. https://doi.org/10.3389/fbioe.2015.00019.Search in Google Scholar PubMed PubMed Central " href="https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/jib-2024-0015/html#j_jib-2024-0015_ref_001" data-bs-target="j_jib-2024-0015_ref_001" data-bs-toggle="tooltip">1</a>, <a class="link link-bibr" title="2. Waltemath, D, Golebiewski, M, Blinov, ML, Gleeson, P, Hermjakob, H, Hucka, M, et al.. The first 10 years of the international coordination network for standards in systems and synthetic biology (COMBINE). J Integr Bioinform 2020;17:20200005. https://doi.org/10.1515/jib-2020-0005.Search in Google Scholar PubMed PubMed Central " href="https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/jib-2024-0015/html#j_jib-2024-0015_ref_002" data-bs-target="j_jib-2024-0015_ref_002" data-bs-toggle="tooltip">2</a>]. It coordinates standard development to support the associated projects towards establishing a suite of compatible, interoperable and comprehensive standards that address the full spectrum of modeling in systems and synthetic biology. <a class="link link-fig" href="https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/jib-2024-0015/html#j_jib-2024-0015_fig_001" data-bs-target="j_jib-2024-0015_fig_001">Figure 1</a> provides a comprehensive view of the COMBINE standards along with related efforts. Special issues focusing on COMBINE standards have been released regularly since 2016, offering updates from 2015 through 2023 as documented in [<a class="link link-bibr" title="3. König, M, Gleeson, P, Golebiewski, M, Gorochowski, TE, Hucka, M, Keating, SM, et al.. Specifications of standards in systems and synthetic biology: status and developments in 2022 and the COMBINE meeting 2022. J Integr Bioinform 2023;20:20230004. https://doi.org/10.1515/jib-2023-0004.Search in Google Scholar PubMed PubMed Central " href="https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/jib-2024-0015/html#j_jib-2024-0015_ref_003" data-bs-target="j_jib-2024-0015_ref_003" data-bs-toggle="tooltip">3</a>–<a class="link link-bibr" title="9. Schreiber, F, Gleeson, P, Golebiewski, M, Gorochowski, TE, Hucka, M, Keating, SM, et al.. Specifications of standards in systems and synthetic biology: status and developments in 2021. J Integr Bioinform 2021;18:20210026. https://doi.org/10.1515/jib-2021-0026.Search in Google Scholar PubMed PubMed Central " href="https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/jib-2024-0015/html#j_jib-2024-0015_ref_009" data-bs-target="j_jib-2024-0015_ref_009" data-bs-toggle="tooltip">9</a>].
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».