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Enregistrement W4400808880 · doi:10.1021/jacs.4c04433

Gadolinium-Based NMR Spin Relaxation Measurements of Near-Surface Electrostatic Potentials of Biomolecules

2024· article· en· W4400808880 sur OpenAlexafffund
Binhan Yu, Nicolas Bolik-Coulon, Atul Rangadurai, Lewis E. Kay, Junji Iwahara

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueElectron Spin Resonance Studies
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institutes of HealthUniversity of TorontoCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenWelch Foundation
Mots-clésChemistryBiomoleculeGadoliniumRelaxation (psychology)Chemical physicsNuclear magnetic resonanceSpin (aerodynamics)Surface (topology)Computational chemistryNanotechnologyThermodynamicsOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide NMR spectroscopy is an important tool for the measurement of the electrostatic properties of biomolecules. To this point, paramagnetic relaxation enhancements (PREs) of 1 H nuclei arising from nitroxide cosolutes in biomolecular solutions have been used to measure effective near-surface electrostatic potentials (ϕ ENS ) of proteins and nucleic acids. Here, we present a gadolinium (Gd)-based NMR method, exploiting Gd chelates with different net charges, for measuring ϕ ENS values and demonstrate its utility through applications to a number of biomolecular systems. The use of Gd-based cosolutes offers several advantages over nitroxides for ϕ ENS measurements. First, unlike nitroxide compounds, Gd chelates enable electrostatic potential measurements on oxidation-sensitive proteins that require reducing agents. Second, the large electron spin quantum number of Gd (7/2) results in notably larger PREs for Gd chelates when used at the same concentrations as nitroxide radicals. Thus, it is possible to measure ϕ ENS values exclusively from + and – charged compounds even for highly charged biomolecules, avoiding the use of neutral cosolutes that, as we further establish here, limits the accuracy of the measured electrostatic potentials. In addition, the smaller concentrations of cosolutes required minimize potential binding to sites on macromolecules. Fourth, the closer proximity of the paramagnetic center and charged groups within Gd chelates, in comparison to the corresponding nitroxide compounds, enables more accurate predictions of ϕ ENS potentials for cross-validation of the experimental results. The Gd-based method described here, thus, broadens the applicability of studies of biomolecular electrostatics using solution NMR spectroscopy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,340

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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