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Enregistrement W4400829764 · doi:10.1101/2024.07.17.600758

Distinct tissue-niche localization and function of synovial tissue myeloid DC subsets in health, and in active and remission Rheumatoid Arthritis

2024· preprint· en· W4400829764 sur OpenAlexaff
Lucy MacDonald, Aziza Elmesmari, Domenico Somma, Jack Frew, Clara Di Mario, Roopa Madhu, Audrey Paoletti, Theodoros Simakou, Olympia M Hardy, Barbara Tolusso, Denise Campobasso, Simone Perniola, Marco Gessi, Maria Rita Gigante, Luca Petricca, Dario Bruno, Lavinia Agra Coletto, Roberta Benvenuto, John D. Isaacs, Andrew Filby, David McDonald, Jasmine P X Sim, Nigel B. Jamieson, Kevin Wei, Maria Antonietta D’Agostino, Neal L. Millar, Simon Milling, Charles McSharry, Elisa Gremese, Karen Affleck, Kenneth F. Baker, Iain B. McInnes, Thomas D. Otto, Ilya Korsunsky, Stefano Alivernini, Mariola Kurowska‐Stolarska

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRheumatoid Arthritis Research and Therapies
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesVersus ArthritisNational Institute for Health and Care ResearchWellcome Trust
Mots-clésRheumatoid arthritisNicheFunction (biology)MedicineMyeloidImmunologyBiologyCell biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Current rheumatoid arthritis (RA) treatments do not restore immune tolerance. Investigating dendritic cell (DC) populations in human synovial tissue (ST) may reveal pathways to re-instate tolerance in RA. With single-cell and spatial-transcriptomics of synovial tissue biopsies, validated by micro co-culture systems, we identified condition and niche-specific myeloid DC clusters with distinct differentiation trajectories and functions. Healthy synovium contains a unique tolerogenic AXL pos DC2 cluster in the superficial sublining layer. In active RA, a macrophage-rich lining-layer niche becomes populated with inflammatory DC3 clusters that specifically activate memory CCL5 pos TEM and CCL5 pos CXCL13 pos TPH, promoting synovitis. In the sublining lymphoid niche, CCR7 pos DC2 mReg specifically interact with naïve-T-cells, potentially driving the local expansion of new effector T-cells. Sustained remission sees the resolution of these niches but lacks the recovery of tolerogenic AXL pos DC2, indicating latent potential for disease flare. A human RA disease-flare model showed that the activation of blood predecessor of ST-DC3 clusters precedes the onset of inflammation in joints. Therapeutic strategies targeting pathogenic ST-DC3 clusters, or reinstating tolerogenic AXL pos DC2, may restore immune homeostasis in RA. In brief Deconstruction of human RA synovium, using single-cell spatial transcriptomics and micro-culture systems, reveals distinct neighbourhoods within the synovial architecture across health, and RA patients with active disease or sustained remission. Discrete niches are identified that contain distinct myeloid DC clusters that differ in frequency, differentiation trajectories, and effector functions. Highlights Human RA synovium exhibits condition and niche specific myeloid DC clusters that vary in their tissue differentiation trajectories and functions. ST-CD14 pos DC3 (iDC3) support inflammatory CCL5 pos TEM and CCL5 pos TPH cell activation in the hyperplastic lining layer. ST-CCR7 pos DC2 (mReg), driven by MIR155, interact with naïve-T-cells in sublining lymphoid niches. A specific inflammatory signature of blood predecessors of ST-DC3s predict flare in RA. Graphical abstract

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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