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Enregistrement W4400874075 · doi:10.1101/2024.07.22.24310683

Adaptor protein 2 sigma subunit ( <i>AP2S1</i> ) variants associated with neurodevelopmental disorders

2024· preprint· en· W4400874075 sur OpenAlexaff
Mark Stevenson, Asha L. Bayliss, Victoria Stokes, Katherine English, Kreepa Kooblall, Roman Fischer, Raphael Heilig, Iolanda Vendrell, Maria E. W. A. Albers, Meghan N. Bartos, Amber Begtrup, Alexia Bourgois, Rebecca Buchert, David J. Carey, Deanna Alexis Carere, Amanda Carnevale, Kristl G. Claeys, Benjamin Cogné, Gregory Costain, Nicole de Leeuw, Anne‐Sophie Denommé‐Pichon, Elizabeth Donner, Eftychia Drogouti, David A. Dyment, Balram Gangaram, Tobias B. Haack, Jeremy S. Haley, Solveig Heide, Ralf A. Husain, Bertrand Isidor, Louise Izatt, Adeline Jacquinet, Jane Juusola, Juliette J. Kahle, Boris Keren, Eric W. Klee, Evgenia Kokosali, Brendan C. Lanpher, Erica L. Macke, Elysa J. Marco, Kirsty McWalter, Bryce A. Mendelsohn, Aubrey Milunsky, Matthew Osmond, Amélie Piton, Angelika Rieß, Valentin Ruault, Patrick Rump, Sarah Schuhmann, Amelle L. Shillington, Diane T. Smelser, Lot Snijders Blok, Frédéric Tran Mau‐Them, Christos Tsakalidis, Abigail Turnwald, Koen L.I. van Gassen, Kristof Van Schil, Georgia Vasileiou, Marissa Vawter‐Lee, Marjolaine Willems, Marjolein H. Willemsen, Lily C. Wong‐Kisiel, Antje Wonneberger, Ioannis Zaganas, Fadil Hannan, Kate E Lines, Rajesh V. Thakker

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern OntarioSickKids FoundationUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchRegeneron PharmaceuticalsCancer Research UKWellcome TrustDepartment of Health and Social CareCSL Behring
Mots-clésProtein subunitSignal transducing adaptor proteinSigmaGeneticsComputational biologyBiologyMedicineGenePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Adaptor-Related Protein Complex 2 Sigma-1 Subunit ( AP2S1 ) encodes AP2σ2, which forms part of the heterotetrameric AP2 complex that is composed of α, β2, μ2, and σ2 subunits and has a pivotal role in clathrin-mediated endocytosis (CME) 1–3 . AP2S1 variants involving the Arg15 residue are associated with familial hypocalciuric hypercalcaemia type 3 (FHH3) 1,4–6 . Here, we report 5 different AP2S1 variants (AP2σ2: p.Arg10Trp, p.Arg10Gln, p.Lys18Glu, p.Lys18Asn and p.Arg61His) in 26 patients with neurodevelopmental delay, of whom >70% had epilepsy, 50% had brain abnormalities, and none had hypercalcaemia. All 5 variants decreased cell viability, 4 reduced CME transferrin uptake, and 4 disrupted interactions with other AP2 complex subunits, thereby affecting AP2 formation. Furthermore, AP2σ2 p.Arg10Trp had reduced interactions with 44 human proteins including intersectin 1, a component required for clathrin-coated pit formation and synaptic vesicle dynamics in neurones. Thus, our results show that AP2σ2 variants may disrupt CME and be associated with neurodevelopmental disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,211
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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