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Enregistrement W4400896272 · doi:10.1101/2024.07.20.602341

Still Not Sterile: Chlorhexidine gluconate treatment does not completely reduce skin microbial bioburden and promotes pathogen overabundance in patients undergoing elective surgeries

2024· preprint· en· W4400896272 sur OpenAlexaff
Elizabeth C. Townsend, Kayla Xu, Karinda De La Cruz, L. Huang, Shelby Sandstrom, Delanie Arend, Owen Gromek, John Scarborough, Anna Huttenlocher, Angela Gibson, Lindsay Kalan

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueWound Healing and Treatments
Établissements canadiensPopulation Health Research InstituteMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBioburdenChlorhexidine gluconateChlorhexidineMedicineSurgeryIntensive care medicineDentistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Surgical site infections (SSI) continue to occur despite widespread adoption of surgical antiseptics. The effects of chlorhexidine gluconate (CHG)-based antiseptics on the skin microbiome also remains undefined due to confounding effects of CHG persistence on skin. Patients undergoing elective surgery were enrolled to characterize the immediate and long-term impact of pre-surgical preparation with CHG antiseptic on skin microbial communities. Due to the broad-spectrum antimicrobial activity of CHG and its propensity to bind extracellular DNA, methods to selectively identify live microorganisms are critical to this process and to fully elucidate the effectiveness of pre-surgical protocols and potential disruptions to the healthy skin microbiome. Swabs of the surgical site skin microbiome were collected at multiple timepoints before and after surgery. Microbial bioburden and community compositions were evaluated with viability qPCR and 16S ribosomal RNA gene profiling. Pre-operative CHG induced a measurable reduction in the viable microbial bioburden at the surgical site. On the day of surgery, surgical sites displayed a significant increase in the relative abundance of several SSI associated bacterial genera, including , Acinetobacter, Bacillus, Escherichia-Shigella, and Pseudomonas , compared to baseline . Bacillus species isolated from subjects at baseline showed resistance to CHG with MICs exceeding 1000 µg/ml. Despite major shifts in the skin microbiome upon exposure to CHG, they were transient in the majority of individuals. Skin microbial community structure recovered by the post-surgical follow-up. In short, this study shows that pre-surgical application of CHG can significantly reduce viable skin microbial bioburden, however, complete sterility is not achieved. While CHG induces temporary shifts in the skin microbiome, including enrichment for potentially pathogenic taxa, the skin microbiome recovers back to near baseline. Collectively, these findings identify tangible avenues for improving antiseptic formulations and offer further support that the skin microbiome is viable, stable, and resilient to chemical perturbation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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