Novel Variants in ABCA4-Related Retinopathies with Structural Re-Assessment of Variants of Uncertain Significance
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Conclusive molecular genetic diagnoses in inherited retinal diseases remains a major challenge due to the large number of variants of uncertain significance (VUS) identified in genetic testing. Here, we determined the genotypic and phenotypic spectrum of ABCA4 gene variants in a cohort of Canadian inherited retinal dystrophy subjects. METHODS: This retrospective study evaluated 64 subjects with an inherited retinal dystrophy diagnosis with variants in the ABCA4 gene. Pathogenicity of variants was assessed by comparison to genetic databases and in silico modelling. ABCA4 variants classified as VUS were further evaluated using a cryo-electron structural model of the ABCA4 protein to predict impact on protein function and were also assessed for evolutionary conservation. RESULTS: Conclusive disease-causing biallelic ABCA4 variants were detected in 52 subjects with either Stargardt's disease, cone-rod dystrophy, macular dystrophy, or pattern dystrophy. A further 14 variants were novel comprising 1 nonsense, 1 frameshift, 3 splicing, and 9 missense variants. Based on in silico modelling, protein modelling and evolutionary conservation from human to zebrafish, we re-classified 5 of these as pathogenic and a further 3 as likely pathogenic. We also added to the ABCA4 phenotypic spectrum seen with four known pathogenic variants (c.2161-2A>G; Leu296Cysfs*4; Arg1640Gln; and Pro1380Leu). CONCLUSIONS: This study expands the genotypic and phenotypic spectrum of ABCA4 disease-associated variants. By panel-based genetic testing, we identified 14 novel ABCA4 variants of which 8 were determined to be disease-causing or likely disease-causing. These methodologies could circumvent somewhat the need for labour intensive in vitro and in vivo assessments of novel ABCA4 variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».