CelltypeR: A flow cytometry pipeline to characterize single cells from brain organoids
Notice bibliographique
Résumé
Motivated by the cellular heterogeneity in complex tissues, particularly in brain and induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived brain models, we developed a complete workflow to reproducibly characterize cell types in complex tissues. Our approach combines a flow cytometry (FC) antibody panel with our computational pipeline CelltypeR, enabling dataset aligning, unsupervised clustering optimization, cell type annotating, and statistical comparisons. Applied to human iPSC derived midbrain organoids, it successfully identified the major brain cell types. We performed fluorescence-activated cell sorting of CelltypeR-defined astrocytes, radial glia, and neurons, exploring transcriptional states by single-cell RNA sequencing. Among the sorted neurons, we identified subgroups of dopamine neurons: one reminiscent of substantia nigra cells most vulnerable in Parkinson's disease. Finally, we used our workflow to track cell types across a time course of organoid differentiation. Overall, our adaptable analysis framework provides a generalizable method for reproducibly identifying cell types across FC datasets in complex tissues.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».