Congenital Hyperinsulinism and Novel <i>KDM6A</i> Duplications -Resolving Pathogenicity With Genome and Epigenetic Analyses
Notice bibliographique
Résumé
CONTEXT: Hyperinsulinemic hypoglycemia (HI) can be the presenting feature of Kabuki syndrome (KS), which is caused by loss-of-function variants in KMT2D or KDM6A. As these genes play a critical role in maintaining methylation status in chromatin, individuals with pathogenic variants have a disease-specific epigenomic profile-an episignature. OBJECTIVE: We evaluated the pathogenicity of 3 novel partial KDM6A duplications identified in 3 individuals presenting with neonatal-onset HI without typical features of KS at the time of genetic testing. METHODS: Three different partial KDM6A duplications were identified by routine targeted next-generation sequencing for HI and initially classified as variants of uncertain significance (VUS) as their location, and hence their impact on the gene, was not known. Whole-genome sequencing (WGS) was undertaken to map the breakpoints of the duplications with DNA methylation profiling performed in 2 individuals to investigate the presence of a KS-specific episignature. RESULTS: WGS confirmed the duplication in proband 1 as pathogenic as it caused a frameshift in the normal copy of the gene leading to a premature termination codon. The duplications identified in probands 2 and 3 did not alter the reading frame, and therefore their significance remained uncertain after WGS. Subsequent DNA methylation profiling identified a KS-specific episignature in proband 2 but not in proband 3. CONCLUSION: Our findings confirm a role for KDM6A partial gene duplications in the etiology of KS and highlight the importance of performing in-depth molecular genetic analysis to properly assess the clinical significance of VUS' in the KDM6A gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».