Defining and Assessing International Classification of Disease Suicidality Phenotypes for Genetic Studies
Notice bibliographique
Résumé
Background: Suicidality, including suicidal ideation (SI), attempt (SA), and death (SD), represents complex and partially overlapping phenotypes. This complexity contributes to study population heterogeneity in suicidality research, impeding replication efforts and data consolidation by research consortia. The standardization of suicidality definitions would help but has been insufficiently addressed in existing literature. Here, the Suicide Workgroup of the Psychiatric Genomics Consortium (PGC) provides International Classification of Disease (ICD) definitions, a critical real-world data source, for SA and SI. Methods: The PGC Suicide Workgroup used published definitions coupled with expert consensus to develop ICD lists to serve as suicidality phenotype definitions. One SI and two SA lists were produced and evaluated for performance against patient screening responses in two independent cohorts (N = 9,151 and 12,621) with differing ascertainment strategies. Outcomes: ICD list suicidality definitions were produced. Evaluation of generated ICD lists versus patient responses across two cohorts demonstrated varied sensitivity (15·4% to 71·1%), specificity (67·6% to 96·3%), and positive predictive values (0·57-0·92). SI ICD code performance also varied in sensitivity (29·4%-86·1%), specificity (64·2% to 90·6%), and positive predictive values (0·67 to 0·98). Interpretation: Guidelines were developed to provide more consistent and comparable suicidality definitions. However, real-world application of ICD codes leads to a wide range of performance, dependent on cohort characteristics, that will need to be carefully considered in implementation. Future efforts would benefit from consistent training in use of ICD codes between sites to improve generalizability, and should include validation in diverse populations. Funding: This work was funded by NIMH R01MH132733 (Mullins), R01MH132733 (Ruderfer), R01MH123619 (Docherty), R01MH123489 (Coon), R01MH124839 (PGC4), R01MH118233 and MH117599 (Smoller), Brain and Behavior Research Foundation No. 31248 (Monson), the Huntsman Mental Health Institute, National Science Foundation Graduate Research Fellowship Program Grant #1842169, and by grant # I01BX005881 and #IK6BX006523 (Kimbrel) from the Department of Veterans Affairs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,073 | 0,135 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».