Nylon Analogue Substrates Allow for Continuous Quantification of Polyamidase Activity in Nylon-Degrading Enzymes
Notice bibliographique
Résumé
Nylon-hydrolyzing enzymes have been of increased interest recently in the context of bioremediation. The aminohexanoate oligomer hydrolases (NylCs) are thus far the most promising biocatalysts identified to this end. Protein engineering has been used to increase the thermal stability of these enzymes, but relatively little work has been done to improve their catalytic activity, due in part to a lack of high-throughput assays. Herein we report the design, synthesis, and enzymatic hydrolysis of polyamide analogue substrates mimicking various nylon architectures. We observed hydrolysis of diamide analogues 2, 4, and 5 in a continuous and quantitative manner via a light-scattering assay, which is amenable to a high-throughput screen in 96-well plates. The reaction products were characterized by liquid chromatography-coupled mass spectrometry, revealing insight into the structural elements required for recognition of substrates by NylC enzymes. The assay may be performed in minutes at elevated temperatures, allowing for efficient screening of thermostable nylonase enzymes. The activity of the NylC enzymes towards substrate 2 correlated to their corresponding enzymatic hydrolysis of Nylon-6 film, indicating that these substrates are surrogates for bulk nylon hydrolysis. Finally, we demonstrate the applicability of this assay to cell lysate, further enabling protein engineering efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».