Cryo-EM Structure of <i>Salmonella typhimurium</i> ArnC; the Key Enzyme in Lipid-A Modification Conferring Polymyxin Resistance
Notice bibliographique
Résumé
1 Abstract Polymyxins are last-resort antimicrobial peptides administered clinically against multi-drug resistant bacteria, including Gram-negative ESKAPE pathogens. However, an increasing number of pathogens employ a defense strategy involving a relay of enzymes encoded by the pmrE(ugd) loci and the arnBCDTEF operon. As a result, an Ara-4N headgroup is added to the lipid-A component of outer membrane (OM) lipopolysaccharides (LPS) rendering polymyxins ineffective. Here, we report the cryo-EM structures of glycosyltransferase ArnC from Salmonella typhimurium resolved in both apo and UDP-bound forms at resolutions 2.75 Å and 3.8 Å, respectively. The structure of the ArnC protomer comprises of three distinct regions: an N-terminal glycosyltransferase domain, transmembrane region, and the interface helices (IHs). ArnC forms a stable tetramer with C2 symmetry through interactions in the C-terminal region, which is expected to protrude into the cytosol, where the β8 strand inserts into the adjacent protomer. ArnC protomers have two distinct types of interfaces involving multiple hydrogen bonds and salt bridges. The binding of UDP induces conformational changes that stabilizes structurally labile A-loop, spanning residues 201 to 213, and part of the putative catalytic pocket formed by IH1 and IH2. The comparative analysis of ArnC structures with homologs GtrB and DPMS suggests the key residues involved in ArnC catalytic activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».