Investigating alignment-free machine learning methods for HIV-1 subtype classification
Notice bibliographique
Résumé
Motivation: Many viruses are organized into taxonomies of subtypes based on their genetic similarities. For human immunodeficiency virus 1 (HIV-1), subtype classification plays a crucial role in infection management. Sequence alignment-based methods for subtype classification are impractical for large datasets because they are costly and time-consuming. Alignment-free methods involve creating numerical representations for genetic sequences and applying statistical or machine learning methods. Despite their high overall accuracy, existing models perform poorly on less common subtypes. Furthermore, there is limited work investigating the impact of sequence vectorization methods, in particular natural language-inspired embedding methods, on HIV-1 subtype classification. Results: -mer-based XGBoost model with a balanced accuracy of 0.84, indicating that it has good overall performance for both common and uncommon HIV-1 subtypes. We also report a Word2Vec-based support vector machine that achieves promising results on precision and balanced accuracy. Our study sheds light on the effect of sequence vectorization methods on HIV-1 subtype classification and suggests that natural language-inspired encoding methods show promise. Our results could help to develop improved HIV-1 subtype classification methods, leading to improved individual patient outcomes, and the development of subtype-specific treatments. Availability and implementation: Source code is available at https://www.github.com/kwade4/HIV_Subtypes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».