Distinct characteristics of lymphoid and myeloid clonal hematopoiesis in World Trade Center first responders
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) represents the presence of clonal somatic mutations in blood cells in otherwise healthy individuals. While CHIP is known to increase risk for hematologic malignancies and cardiovascular disease, its association with airborne carcinogens remains largely unknown. We investigated CHIP mutations in 9/11 World Trade Center (WTC) disaster responders (n=350), who experienced substantial exposure to a complex mix of airborne carcinogens. Ultra-deep whole-exome sequencing at 250X was performed on banked blood samples. We characterized CHIP mutations and their associations with clinical factors (age, ancestry, gender, body mass index, cardiovascular disease, stroke), laboratory parameters (peripheral blood counts), mental and cognitive assessments, exposure data, and HLA zygosity. Statistical methods included Fisher’s exact test, Wilcoxon rank sum test, and multivariate logistic regression. Findings were compared to unexposed controls (n=293) analyzed using identical methods. Among WTC participants, CHIP prevalence was 34.2%, with myeloid-CHIP (M-CHIP) at 16.2% and lymphoid-CHIP (L-CHIP) at 21.4%. M-CHIP prevalence correlated positively with age ( p =0.02), smoking history ( p= 0.01), and lower platelet counts ( p =0.03). The most frequent M-CHIP mutations were in DNMT3A, TET2, PPM1D , while L-CHIP mutations were in EEF1A1, DDX11 and KMT2D . Notably, DDX11 mutations were associated with lower Montreal Cognitive Assessment scores ( p =6.57e-03). Comparison with unexposed controls demonstrated higher CHIP prevalence in WTC responders, particularly in those 55 or younger. Study highlights the potential utility of deep sequencing for CHIP detection with clinical, laboratory and exposure data to develop personalized risk-adapted screening programs for cancer and other CHIP-related conditions in individuals exposed to airborne carcinogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».