Structure, biosynthesis and regulation of the T1 antigen, a phase-variable surface polysaccharide conserved in many Salmonella serovars
Notice bibliographique
Résumé
The bacterial genus Salmonella includes diverse isolates with multiple variations in the structure of the main polysaccharide component (O antigen) of membrane lipopolysaccharides. In addition, some isolates produce a transient (T) antigen, such as the T1 polysaccharide identified in the 1960s in an isolate of Salmonella enterica Paratyphi B. The structure and biosynthesis of the T1 antigen have remained enigmatic. Here, we use biophysical, biochemical and genetic methods to show that the T1 antigen is a complex linear glycan containing tandem homopolymeric domains of galactofuranose and ribofuranose, linked to lipid A–core, like a typical O antigen. T1 is a phase-variable antigen, regulated by recombinational inversion of the promoter upstream of the T1 genetic locus through a mechanism not observed for other bacterial O antigens. The T1 locus is conserved across many Salmonella isolates, but is mutated or absent in most typhoidal serovars and in serovar Enteritidis. Some Salmonella isolates produce an enigmatic, transient antigen known as T1. Here, Kelly et al. show that T1 is a complex linear glycan linked to lipid A–core, like a typical O antigen, and is expressed in a phase-variable manner regulated by recombinational inversion of a promoter upstream of the T1 genetic locus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».