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Enregistrement W4401288071 · doi:10.1016/j.xpro.2024.103245

Protocol to evaluate translation inhibition in Candida species using fluorescence microscopy and flow cytometry

2024· article· en· W4401288071 sur OpenAlexafffund
Emily Puumala, Nicole Robbins, Leah E. Cowen

Notice bibliographique

RevueSTAR Protocols · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthCanada Research ChairsCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésFlow cytometryFluorescence microscopeFluorescenceTranslation (biology)Protocol (science)ChemistryCombinatorial chemistryAlkyneBiophysicsBiochemistryBiologyMolecular biologyCatalysisPathologyMedicineOpticsPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Translation inhibitors have therapeutic potential against Candida species. Here, we present a protocol to measure translation inhibition in Candida spp. We describe steps for employing an alkynylated methionine analog, L-homopropargylglycine (HPG), that becomes incorporated into newly synthesized proteins. We then detail procedures to perform a click reaction of the alkyne with a fluorescent azide, which is visualized using fluorescence microscopy and quantified by flow cytometry. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Puumala et al., 1 Fu et al., 2 and Iyer et al. 3 • Protocol for measuring translation in Candida species • Method to incorporate a methionine analog (HPG) into newly synthesized proteins • A click reaction of the alkyne with a fluorescent azide produces fluorescent cells • Visualization of cell signals with microscopy and quantified by flow cytometry Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Translation inhibitors have therapeutic potential against Candida species. Here, we present a protocol to measure translation inhibition in Candida spp. We describe steps for employing an alkynylated methionine analog, L-homopropargylglycine (HPG), that becomes incorporated into newly synthesized proteins. We then detail procedures to perform a click reaction of the alkyne with a fluorescent azide, which is visualized using fluorescence microscopy and quantified by flow cytometry.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,300
Score d'incertitude au seuil0,550

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,076
Tête enseignante GPT0,419
Écart entre enseignants0,343 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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