MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4401364040 · doi:10.3390/genes15081033

A Genotype/Phenotype Study of KDM5B-Associated Disorders Suggests a Pathogenic Effect of Dominantly Inherited Missense Variants

2024· article· en· W4401364040 sur OpenAlexaff
Maria Carla Borroto, Coralie Michaud, Chloé Hudon, Pankaj B. Agrawal, Katherine Agre, Carolyn Applegate, Alan H. Beggs, Hans T. Björnsson, Bert Callewaert, Mei-Jan Chen, Cynthia J. Curry, Orrin Devinsky, Tracy Dudding‐Byth, K Fagan, Candice R. Finnila, Ralitza Gavrilova, Casie A. Genetti, Susan M. Hiatt, Friedhelm Hildebrandt, Monica H. Wojcik, Tjitske Kleefstra, Caroline M. Kolvenbach, Bruce R. Korf, Paul Kruszka, Hong Li, Jessica Litwin, Julien Marcadier, Konrad Platzer, Patrick R. Blackburn, Margot R.F. Reijnders, Heiko Reutter, Ina Schanze, Joseph T.C. Shieh, Cathy A. Stevens, Zaheer M. Valivullah, Marie‐José H. van den Boogaard, Eric W. Klee, Philippe M. Campeau

Notice bibliographique

RevueGenes · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCell Adhesion Molecules Research
Établissements canadiensUniversité de MontréalAlberta Children's HospitalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Human Genome Research Institute
Mots-clésMissense mutationPhenotypeGeneticsGenotypeBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bi-allelic disruptive variants (nonsense, frameshift, and splicing variants) in KDM5B have been identified as causative for autosomal recessive intellectual developmental disorder type 65. In contrast, dominant variants, usually disruptive as well, have been more difficult to implicate in a specific phenotype, since some of them have been found in unaffected controls or relatives. Here, we describe individuals with likely pathogenic variants in KDM5B, including eight individuals with dominant missense variants. This study is a retrospective case series of 21 individuals with variants in KDM5B. We performed deep phenotyping and collected the clinical information and molecular data of these individuals’ family members. We compared the phenotypes according to variant type and to those previously described in the literature. The most common features were developmental delay, impaired intellectual development, behavioral problems, autistic behaviors, sleep disorders, facial dysmorphism, and overgrowth. DD, ASD behaviors, and sleep disorders were more common in individuals with dominant disruptive KDM5B variants, while individuals with dominant missense variants presented more frequently with renal and skin anomalies. This study extends our understanding of the KDM5B-related neurodevelopmental disorder and suggests the pathogenicity of certain dominant KDM5B missense variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,758
Score d'incertitude au seuil0,678

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,305
Écart entre enseignants0,293 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenesMême sujetCell Adhesion Molecules ResearchTravaux en français237 207