Detection of soil-transmitted helminths and Schistosoma spp. by nucleic acid amplification test: Results of the first 5 years of the only international external quality assessment scheme
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Infections with soil-transmitted helminths (STH) and schistosomiasis (SCH) result in a significant global health burden, particularly in rural communities in low and middle-income countries. While microscopy remains the primary diagnostic method for STH and SCH in resource-limited settings, nucleic acid amplification tests (NAATs) are gaining prominence as tools for evaluation of public health control programs in endemic countries, and individual diagnosis in high-income countries. Despite the high sensitivity and specificity of NAATs, previous research has highlighted inter-laboratory variations, both in technical and clinical performance, justifying the need for continuous proficiency testing. METHODOLOGY: Results from 5 rounds over a 5-year period of the so far only longitudinal international Helminth External Molecular Quality Assessment Scheme (HEMQAS), coordinated by the Dutch Foundation for Quality Assessment in Medical Laboratories (SKML), were examined in order to (i) assess the diagnostic proficiency of laboratories in detecting helminths in stool and (ii) identify potential factors contributing to variations in performance. OUTCOME AND CONCLUSIONS: Thirty-six laboratories, from 18 countries and 5 continents, participated in HEMQAS. The overall diagnostic performances were satisfying, with remarkably low numbers (<2%) of false-positive results. False-negative results were more often reported for stool (15%) than for DNA (5%) samples. False-negative results varied largely between targets (the highest number (29%) for Trichuris trichiura). Twenty-five laboratories provided a sufficient number of results for a robust comparison between participating laboratories, which confirmed substantial inter-laboratory variability in quantitative NAAT results (Cq-values). This variability likely arises from differences in pre-treatment, DNA isolation and DNA-target amplification procedures. This study emphasizes the complexity of molecular diagnosis for STH and SCH, highlighting the critical role of proper stool preparation and DNA isolation methods. The results underscore the necessity for laboratory professionals and public health decision-makers to recognize these complexities and continuously undertake external quality assessment schemes to ensure accurate and reliable performance in molecular diagnosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».