Genome-wide association study of susceptibility to<i>Pseudomonas aeruginosa</i>infection in cystic fibrosis
Notice bibliographique
Résumé
Background Pseudomonas aeruginosais a common pathogen that contributes to progressive lung disease in cystic fibrosis (CF). Genetic factors other than CF-causingCFTR(CF transmembrane conductance regulator) variations contribute ∼85% of the variation in chronicP. aeruginosainfection age in CF according to twin studies, but the susceptibility loci remain unknown. Our objective is to advance understanding of the genetic basis of host susceptibility toP. aeruginosainfection. Materials and methods We conducted a genome-wide association study of chronicP. aeruginosainfection age in 1037 Canadians with CF. We subsequently assessed the genetic correlation between chronicP. aeruginosainfection age and lung function through polygenic risk score (PRS) analysis and inferred their causal relationship through bidirectional Mendelian randomisation analysis. Results Two novel genome-wide significant loci with lead single nucleotide polymorphisms (SNPs) rs62369766 (chr5p12; p=1.98×10−8) and rs927553 (chr13q12.12; p=1.91×10−8) were associated with chronicP. aeruginosainfection age. The rs62369766 locus was validated using an independent French cohort (n=501). Furthermore, the PRS constructed from CF lung function-associated SNPs was significantly associated with chronicP. aeruginosainfection age (p=0.002). Finally, our analysis presented evidence for a causal effect of lung function on chronicP. aeruginosainfection age (β=0.782 years, p=4.24×10−4). In the reverse direction, we observed a moderate effect (β=0.002, p=0.012). Conclusions We identified two novel loci that are associated with chronicP. aeruginosainfection age in individuals with CF. Additionally, we provided evidence of common genetic contributors and a potential causal relationship betweenP. aeruginosainfection susceptibility and lung function in CF. Therapeutics targeting these genetic factors may delay the onset of chronic infections, which account for significant remaining morbidity in CF.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».